Премии митрополита Макария, начиная с 1884 г., присуждались ежегодно: поочередно  синодальная и академическая. Императорская академия наук присуждала премии по гуманитарным и естественным наукам. Святейший Синод утверждал премии по двум разделам: богословские науки и духовное образование (за лучшие учебники и учебные пособия, по предметам семинарских и училищных программ).  

От Императорской академии наук

По гуманитарным наукам Макариевские премии получили 38 человек, среди них – Н.М. Бубнов «Сборник писем Герберта, как исторический источник (983–997 гг.)», Д. Ф. Масловский «Русская армия в Семилетнюю войну», А. Н. Петров «Война России с Турцией 1806–1812», А. Ф. Петрушевский «Генералиссимус князь Суворов», И. Я. Порфирьев «Литература в царствование Екатерины II», М. Н. Розанов «Ж. Ж. Руссо и литературное движение конца XVIII – начала XIX вв. Очерки по истории Руссоизма на Западе и в России», Г. В. Форстен «Балтийский вопрос в XVI и XVII столетии (1544–1648)», А. Ф. Редигер «Комплектование и устройство вооруженной силы». Надо назвать и ученых А. Л. Дювернуа, М. И. Михельсона, В. Н. Перетца, В. А. Францева, Л. В. Щерба, М. В. Безобразова, М. С. Карелина, А. А. Кочубинского, А. Н. Савина, Т. Д. Флоринского и другие.  За все время были награждены  две женщины: С.А. Давыдова за исследование «Русское кружево» (премия была вручена после опубликования работы) и М.В. Безобразова за книгу «К истории просвещения в России».

По естественным наукам было присуждено 18 премий и 11 почетных отзывов. Среди награжденных – такие классики науки, как В. В. Докучаев «Русский чернозем», А. С. Ермолов «Организация полевого хозяйства»,С. О. Макаров две премии, 1887 и1893 гг., за исследования вод Средиземного моря и Тихого океана, И. В. Мушкетов две премии «Геологическое описание Туркестана» и «Физическая геология», Э. Е. Лейст три премии, одна из них за труд  «О магнетизме планет», И. Г. Оршанский за работы о наследственности, Н. А. Булгаков за  работу  «О распределении электрических зарядов», С. Н. Алфераки за труд «Гуси России»  и другие.

Рассмотрение каждой работы поручалось Академией наук соответствующему крупному специалисту университета, другого высшего учебного заведения России, и это поручение рассматривалось как почетное.

От Святейшего Синода

Премиями по богословским наукам были отмечены работы А. И. Алмазова «Тайная исповедь в Православной Восточной Церкви»,  А. С. Павлова две премии – за исследования «Номоканон при Большом Требнике» и «50-я глава Кормчей книги», А. П. Голубцова две премии – за работы «Прения о вере, вызванные делом королевича Вольдемара» и «Соборные чиновники и чиновники московского Успенского собора», профессора Н. Н. Глубоковского «Благовестие христианской свободы в послании Святого Апостола Павла Галатам», Г. А. Воскресенского «Древнеславянское Евангелие» и «Древнеславянский Апостол», И. И. Малышевского «Святые Кирилл и Мефодий, первоучители славянские», а также И. М. Менсветова «Церковный устав, его образование и судьба в Греческой и Русской Церкви», священника П. А. Флоренского «Столп и утверждение истины», иеромонаха Николая (Ярушевича), будущего митрополита, «Церковный суд в России до издания Соборного Уложения Алексея Михайловича», архиепископа Никона (Рождественского) «Троицкие листки. Духовно-нравственное чтение для народа. Листки по Евангелию от Матфея» и другие.

За лучшие учебники и учебные пособия по предметам семинарских и училищных программ.
При этом премий удостаивались работы не только по богословским наукам, но и по истории Церкви, филологии и другим учебным дисциплинам (психология, матемитика). Были премированы С. В. Смоленский «Азбука знаменного пения старца Александра Мезенца», И. С. Бердников две премии – за «Основные начала церковного права» и «Краткий курс церковного права», А. П. Доброклонский «Руководство к истории Русской Церкви», В. М. Металлов «Азбука крюкового пения»; Г. И. Челпанов «Учебник психологии», Н. И. Билибин «Курс тригонометрии», И. Г. Троицкий «Библейская археология» и другие.